1. Lisis sel dan denaturasi protein
Pada peringkat awal pengekstrakan DNA plasmid, sel perlu dilisiskan untuk membebaskan DNA di dalamnya. Proses ini biasanya dicapai dengan menggunakan kepekatan tinggi garam, detergen, atau enzim. Dalam proses ini, peranan utama Tris adalah untuk mengekalkan pH larutan yang stabil, dengan itu melindungi DNA daripada persekitaran berasid yang dihasilkan semasa proses lisis. Selain itu, Tris juga boleh membantu mengasingkan DNA daripada lisat dengan mengikat dan menyahtukarkan protein.
2. Pelarutan dan penstabilan DNA
Selepas lisis sel, DNA plasmid perlu dilisiskan dan diasingkan daripada komponen selular lain. Proses ini biasanya dicapai dengan menggunakan kepekatan garam atau detergen yang tinggi. Dalam proses ini, peranan utama Tris adalah untuk menyediakan kekuatan ionik dan persekitaran pH yang sesuai untuk menggalakkan pelarutan dan penstabilan DNA. Kumpulan hidroksil dan amino Tris boleh membentuk ikatan hidrogen dan ion dengan molekul DNA, yang menstabilkan strukturnya dan menghalang degradasinya. Di samping itu, Tris boleh melindungi DNA daripada degradasi dengan menghalang aktiviti nuklease.
3. Pemurnian dan pemulihan DNA
Selepas DNA plasmid diasingkan daripada lisat, satu siri langkah penulenan selalunya diperlukan untuk membuang sisa protein, RNA, dan kekotoran lain. Langkah-langkah ini termasuk pengekstrakan fenol/kloroform, pemendakan etanol, dsb. Dalam proses ini, peranan utama Tris adalah untuk mengekalkan pH larutan yang stabil, sekali gus melindungi DNA daripada persekitaran berasid atau beralkali yang mungkin timbul semasa penulenan. Selain itu, Tris juga boleh membantu memulihkan DNA plasmid tulen daripada larutan dengan mengikat kekotoran dan membenarkannya memendakan.
